EJONS INTERNATIONAL JOURNAL ON MATHEMATICS, ENGINEERING & NATURAL SCIENCES ISSN 2602 - 4136

Quick Access


Bu Dergi DOI ve Crosscheck üyesidir


PROGEROİD LAMİNOPATİLERİN MEKANİZMALARI İLE İLGİLİ LMNA VE ZMPSTE24 İÇİN YENİ BİR ceRNA ANALİZİ
(A NOVEL ceRNA ANALYSIS FOR LMNA AND ZMPSTE24 RELATED TO MECHANISMS OF PROGEROID LAMINOPATHIES )

Author : NAZLI IRMAK GİRİTLİOĞLU    
Type :
Printing Year : 2020
Number : 14
Page : 359-369
Cite : NAZLI IRMAK GİRİTLİOĞLU , (2020). PROGEROİD LAMİNOPATİLERİN MEKANİZMALARI İLE İLGİLİ LMNA VE ZMPSTE24 İÇİN YENİ BİR ceRNA ANALİZİ. EJONS INTERNATIONAL JOURNAL ON MATHEMATICS, ENGINEERING - NATURAL SCIENCES, 14, p. 359-369. Doi: 10.38063/ejons.251.
    


Summary

Progeroid sendromlar, cilt yaşlanması (elastin kaybı ve cilt incelmesi), kardiyovasküler problemler, alopesi vb. yaşlılık özelliklerini genç yaşlarda gösteren hastalıklardır. En bilinen progeroid sendromlarından biri Hutchinson-Gilford Progeria Sendromu’dur (HGPS). HGPS, Lamin A/C (LMNA) de novo nokta mutasyonundan kaynaklanır ve sonuç olarak, progerin adı verilen; iç nükleer membranda biriken toksik bir protein üretilir. Çinko Metallopeptidaz STE24 (ZMPSTE24) (insanlarda FACE-1 olarak da bilinir), post-translasyonel modifikasyonlarda önemli fonksiyonlara sahip bir enzimdir. ZMPSTE24 mutasyonları da progeroid sendromlarına neden olabilir. Competing Endogenous RNA, RNA'ların birbirleriyle iletişim kurduğunu ve birbirlerinin ifadelerini ortak mikroRNA (miRNA)lar aracılığıyla düzenlediğini iddia eden nispeten yeni bir hipotezdir. Bu çalışmada, LMNA ve ZMPSTE24 mRNA'ları için bir ceRNA analizi yapılmıştır. İlk olarak miRTarBase'de LMNA ve ZMPSTE24 mRNA'larıyla ilişkili miRNAlar bulundu ve hem güçlü ve hem de daha az güçlü kanıtlara (deneysel bazda) sahip sonuçlar dikkate alındı. Sonra, miRTarBase'de bu miRNAlar ile ilişkili, sadece güçlü kanıtları olan diğer genler seçildi ve bu genlerin hit skorları hesaplandı. En yüksek hit skorlarına sahip olan genlerin moleküler fonksiyonlarının P değerleri (<0,05) için Gene Ontology (GO) Resource GO Enrichment algoritması kullanıldı. LMNA mRNAlarıyla ilişkili transkriptlerin en yüksek hit skoru 3 (BCL2, CCND1, CCND2, CDK6, and EZH2) ve ZMPSTE24 mRNAlarıyla ilişkili transkriptlerin en yüksek hit skoru 2 (CBL, CCND2, CLOCK, EZH2, MAPK14, ve SERP1)’dir. Mevcut literatürde progeroid sendromlarının mekanizmalarını anlamak için ZMPSTE24 transkripleriyle ilişkili ceRNA'lar hakkında bir çalışma yoktur ve bu çalışma LMNA ve ZMPSTE24 mRNAlarıyla bağlantılı ceRNA'lar için yeni bir analiz sunmaktadır.



Keywords
ceRNA, miRNA, Progeroid, LMNA, ZMPSTE24

Abstract

Progeroid syndromes are diseases that display old-age features such as skin aging (loss of elastin and skin thinning), cardiovascular problems, alopecia at young ages. One of the most known progeroid syndromes is Hutchinson-Gilford Progeria Syndrome (HGPS). HGPS is caused by Lamin A/C (LMNA) de novo point mutation and as a result, a toxic protein that accumulates in the inner nuclear membrane called progerin is produced. Zinc Metallopeptidase STE24 (ZMPSTE24) (also known as FACE-1 in humans) is an enzyme that has important functions in post-translational modifications. ZMPSTE24 mutations also can cause the progeroid syndromes. Competing endogenous RNA (ceRNA) is a relatively new hypothesis that claims RNAs communicate with each other and regulate each other’s expressions via shared microRNA (miRNA)s. In this study, a ceRNA analysis was performed for mRNAs of LMNA and ZMPSTE24. Firstly, related miRNAs of LMNA and ZMPSTE24 mRNAs were found in miRTarBase, and the results with both strong and less strong evidence (on the experimental base) were considered. Then, other genes related to these miRNAs that have only strong evidence in miRTarBase were chosen and hit scores of these genes were calculated. The Gene Ontology (GO) Resource GO Enrichment analysis algorithm was used for P values (<0.05) of molecular functions of these genes which have the highest hit scores. The highest hit score of transcripts associated with LMNA mRNAs is 3 (BCL2, CCND1, CCND2, CDK6, and EZH2) and the highest hit score of transcripts associated with ZMPSTE24 mRNAs is 2 (CBL, CCND2, CLOCK, EZH2, MAPK14, and SERP1). There is no study about related ceRNAs of ZMPSTE24 transcripts for understanding the mechanisms of progeroid syndromes in the current literature and the study provides a novel analysis for connected ceRNAs of LMNA and ZMPSTE24 mRNAs, that is based on strong experimental evidence.



Keywords
ceRNA, miRNA, Progeroid, LMNA, ZMPSTE24

Advanced Search


Announcements

    Eylül Sayısı

    VERBİS'E KAYIT S�RELERİ HAKKINDA DUYURU | Kırklareli Ticaret ve ...

    15 Eylülde'de yayınlanacak Sayımız için  20 AğustosTarihine kadar çalişmanızı Yükleyebilirsiniz



Address :Kazakh National Women's Pedagogical University, Almatı, Kazakhistan
Telephone :+7 778 921 0336 - 0 534 349 92 73 Fax :
Email :ejonsjournal@gmail.com

Web Yazılım & Programlama Han Yazılım Bilişim Hizmetleri